sequenceTubeMap:以管图的形式显示多个基因组序列

时间:2021-05-11 21:37:11
【文件属性】:
文件名称:sequenceTubeMap:以管图的形式显示多个基因组序列
文件大小:13.48MB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-05-11 21:37:11
JavaScript 序列管图 一个用于可视化基因组序列图JavaScript模块。 它会自动生成序列图的“管状图”可视化效果,该序列图已使用创建。 链接到工作演示: : 生物学背景 最近的科学进展导致可用基因组序列信息的数量大大增加。 过去,该序列信息由单个参考序列组成,可以相对容易地以线性方式对其进行可视化。 今天,我们经常知道特定DNA序列的多种变体。 这些可能是来自同一物种的不同个体的序列,也可能是来自不同物种的同源(=具有共同祖先)序列。 各个序列之间的差异称为多态性,其大小范围可以从单个碱基对的变异到涉及DNA长链延伸的变异。 这些多态性是所有序列分析的重点,因为分析序列之间的差异并将它们与表型的可能差异相关联,可以得出有关所分析序列功能的结论。 图形数据结构允许在单个数据结构中对多个相关序列进行编码。 目的是通过简化序列的相似性和差异来简化多个序列的比较。 有许多方法(和文件格式)以图形形式
【文件预览】:
sequenceTubeMap-master
----.gitignore(58B)
----README.md(9KB)
----uploads()
--------.gitignore(70B)
----exampleData()
--------x.vg.gbwt(3KB)
--------snp1kg-BRCA1.vg(99KB)
--------cactus-NA12879.sorted.gam(2.54MB)
--------NA12878-BRCA1.sorted.gam(2.85MB)
--------cactus-NA12879.sorted.gam.gai(605B)
--------x.vg(6KB)
--------cactus.vg(38KB)
--------cactus-NA12879.gam(3.41MB)
--------cactus.vg.xg(86KB)
--------x.vcf.gz(967B)
--------NA12878-BRCA1.gam(4.14MB)
--------x.fa(1017B)
--------snp1kg-BRCA1.vg.xg(190KB)
--------NA12878-BRCA1.sorted.gam.gai(635B)
--------x.vcf.gz.tbi(90B)
--------x.vg.xg(8KB)
----.github()
--------workflows()
----public()
--------logo.png(7KB)
--------index.html(431B)
--------favicon.ico(12KB)
----.gitattributes(11B)
----package.json(1KB)
----src()
--------components()
--------App.test.js(2KB)
--------server.js(16KB)
--------config.json(762B)
--------setupProxy.js(854B)
--------end-to-end.test.js(5KB)
--------App.css(2KB)
--------index.js(189B)
--------App.js(4KB)
--------enums.js(205B)
--------util()
----scripts()
--------prepare_gam.sh(293B)
--------prepare_vg.sh(453B)
--------deleteOldUploads.sh(692B)
----images()
--------example1.png(2KB)
--------example2.png(2KB)
--------example3.png(5KB)
--------header.png(114KB)
----LICENSE.txt(1KB)
----deploy.md(899B)
----.editorconfig(476B)
----yarn.lock(298KB)

网友评论