文件名称：YeastpRofileSpearman:用于计算酵母mRNA的TSS和TTS周围特征的软件-开源
文件大小：18.86MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-20 13:44:35
开源软件
YeastpRofileSpearman是用C＃编写的便携式Windows窗体应用程序，用于计算酵母mRNA的转录起始（TSS）和终止（TTS）位点周围的基因组变量的概况。 它是软件应用程序YeastpRofile（https://sourceforge.net/projects/yeastprofile/）的变体，其中，计算了Spearman的秩相关系数（Rs）来代替Pearson相关系数。 通过计算转录链增量移动时基因组变量值与TSS（或TTS）计数之间的全基因组范围内的Rs，可以得到该图谱。 用于计算互相关曲线的TSS和TTS计数数据取自Pelechano等人的工作。 （1）。 输入文件必须是基于酵母基因组序列版本R64的BedGraph格式的文件。 输出文件是文本制表符分隔的表，报告变量坐标相对于TSS或TTS的各种偏移的Rs值。 1）V.Pelechano et al。，Nature，497（2013）127-13。
【文件预览】：
Sample_data_V.1
----Lee_2007_log_ratio_nucleosome_occupancy_V64.bedgraph(83.07MB)
----README.pdf(115KB)
----Lee_2007_log_ratio_nucleosome_occupancy_V64_TSS_-400_2_401.RSprofile(5KB)