metabolomeDB:本地代谢物数据库

时间:2024-06-05 01:51:28
【文件属性】:

文件名称:metabolomeDB:本地代谢物数据库

文件大小:3.11MB

文件格式:ZIP

更新时间:2024-06-05 01:51:28

Python

代谢组学数据库 这组命令将来自Internet的文件处理为内部特定的数据库格式。 建立数据库 $ > mysql -u root < create> echo " " > ALL_HMDB.xml $ > find /Users/nat2/Downloads/hmdb_metabolites/. -print | xargs -n1000 grep -h -v " <?xml version= " >> ALLHMDB.xml $ > echo " " >> ALL_HMDB.xml 然后将xml文件转换为制表符分隔值文本文件。 可以通过更改文


【文件预览】:
metabolomeDB-master
----parse_hmdb.py(4KB)
----populate_metabolites.py(1KB)
----create_database.sql(600B)
----populate_metabolites.txt(21.4MB)
----README.md(3KB)
----20150810_meeting.sql(1KB)
----assign_internalids.py(3KB)

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