【文件属性】：
文件名称：前沿遗传学2020
文件大小：94.17MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-17 03:36:18
河水牛基因损益分析及阳性选择
该存储库包含自定义脚本，以分析CAFE基因的得失结果。 这些脚本已在论文“水牛在蛋白质降解，嗅觉受体，排毒和免疫系统中的适应性特征”中使用。 它还包含MHC基因坐标。
CAFE分析
运行包含OrthoFinder的synteny管道之后，完成CAFE，然后执行以下操作：
在CAFE中测试不同的模型，然后选择最佳模型。
导入CAFE结果以执行GO，KEGG和Reactome富集分析。
查找所有分支和水牛分支的具有统计上显着的基因损益的基因家族。
MHC坐标分析
该脚本导入了卵形贝贝虫（GBE63528.1）对六个物种基因组的爆炸结果。 计算并可视化每种物种的爆炸命中率。 此外，MHC的结果与手动管理获得的结果一致。
【文件预览】：
frontiergenetics2020-main
----Buffalo()
--------Input()
--------CAFE_Test_best_model.Rmd(2KB)
--------CAFE_GO_KEGG_Reactome_pathway.Rmd(7KB)
--------CAFE_Find_immune_Gene.Rmd(10KB)
--------PAML_Find_immune_Gene.Rmd(20KB)
--------Babesia_orf2_tblastn.Rmd(25KB)
--------CAFE_Match_gene_family.Rmd(14KB)
--------Kelly_Buffalo_R_script.Rproj(205B)
--------PAML_GO_KEGG_Reactome_pathway.Rmd(6KB)
--------PAML_branch_positive_selection.Rmd(3KB)
--------CAFE_filter_buffalo_branch.Rmd(5KB)
----README.md(1KB)