文件名称：DPM-LGCP-开源
文件大小：68.01MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-18 15:43:05
开源软件
我们引入了一种用于非均匀泊松过程的非参数贝叶斯聚类方法，以检测包括转录因子在内的多种蛋白质的异质结合模式。 估计的蛋白质簇在不同染色质状态下形成调节模块，这有助于解释蛋白质如何共同调节基因表达。 我们将这种方法应用于包含 21 种蛋白质的小鼠神经干细胞的 ChIP-seq 数据，并观察到聚集在不同染色质状态中的不同蛋白质组或模块。 发现这些染色质状态特异性调节模块对基因表达有显着影响。 此外，我们观察到确定的调节模块和染色质状态可能共同决定特定类别蛋白质的基序偏好。 因此，我们的结果揭示了染色质状态与复杂转录调控过程中蛋白质组合结合之间的关系。