文件名称：drax:用于检测抗药性相关taXa的管道
文件大小：1.52MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-02 20:56:10
metagenomics resistome Groovy
检测与电阻相关的taXa DRAX is currently under active development -- please check back soon. 概述 DRAX是管道，用于检测元基因组中与电阻组相关的分类单元。 它确定抗菌抗性基因（参数），使用 ，提取使用每个ARG的基因组环境并且然后执行组装环境的分类学分类。 进一步的管道步骤和完整的文档正在添加。 安装 Bioconda 为了易于使用， DRAX管道由包装器脚本调用，该脚本可让您下载所需的参考数据，运行DRAX 管道或更新管道。 使用安装DRAX最简单： conda install drax -c bioconda 货柜 您也可以使用容器而不是DRAX运行DRAX 。 这将绕过包装器脚本，因此您需要自己下载所需的参考数据。 # Install Nextflow curl -s https://get.nex
【文件预览】：
drax-master
----.travis.yml(780B)
----bin()
--------interleave-fastq.py(1000B)
--------scrape_software_versions.py(1KB)
--------markdown_to_html.r(1KB)
----conf()
--------aws.config(760B)
--------igenomes.config(10KB)
--------base.config(1KB)
--------docker.config(456B)
--------multiqc_config.yaml(424B)
--------scafell.config(332B)
----docs()
--------installation.md(1KB)
--------configuration()
--------troubleshooting.md(2KB)
--------README.md(391B)
--------output.md(2KB)
--------usage.md(9KB)
----main.nf(24KB)
----assets()
--------email_template.txt(1KB)
--------misc()
--------sendmail_template.txt(195B)
--------bbmap()
--------email_template.html(3KB)
----Dockerfile(1KB)
----tests()
--------run_test.sh(415B)
--------test-reads-R2.fastq.gz(69KB)
--------test-reads-R1.fastq.gz(69KB)
----drax(3KB)
----LICENSE(1KB)
----drax-conda-environment.yml(176B)
----.gitignore(74B)
----README.md(3KB)
----.gitattributes(30B)
----nextflow.config(2KB)