文件名称：shinyGenes:基因片段图
文件大小：274KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-25 09:43:40
R
发光基因 使用Prokka，BLAST和genoPlotR注释和绘制短基因片段的闪亮应用程序。 该应用程序旨在比较短基因片段（而不是整个基因组），例如来自原核生物的移动遗传元件，病毒或其他有趣的基因组片段。 Alpha版本：界面中的几个选项未连接，错误检查未正确执行，绘图下载未执行； 请耐心使用。 跑步 shiny::runGitHub('shinyGenes', 'esteinig') 输入 档案文件 来自NCBI的单一GenBank格式。 这允许从GenBank下载基因片段。 文件将转换为FASTA以与BLASTN进行比较。 用Prokka注释时为单一FASTA格式。 这允许输入未注释的基因片段，这些片段通过Prokka在本地进行管道传输和注释。 需要本地安装Prokka。 笔记 所有文件名都需要按图中所需的段的最终位置进行排序-最好通过按所需顺序对文件进行编号来实现 用Pro
【文件预览】：
shinyGenes-master
----README.md(4KB)
----server.R(10KB)
----examples()
--------1_SCCmec_M03-68.gbf(46KB)
--------2_SCCmec_CM11.fasta(30KB)
--------4_SCCmec_JCSC6670.fasta(23KB)
--------3_SCCmec_WC28.gbf(104KB)
--------1_SCCmec_M03-68.fasta(23KB)
--------2_SCCmec_CM11.gbf(60KB)
--------example_screen.png(143KB)
--------3_SCCmec_WC28.fasta(51KB)
--------4_SCCmec_JCSC6670.gbf(46KB)
----LICENSE(18KB)
----ui.R(4KB)
----www()
--------custom.css(347B)
----install()
--------install.R(1KB)