文件名称：DenseLD：这是一种遗传精细映射方法，在目标基因组区域的SNPS中结合了连锁不平衡（LD）矩阵的致密LD块结构
文件大小：998KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-02-29 18:58:38
linkage-disequilibrium graph structure dense fine-mapping
具有致密连锁不平衡区（DenseLD）的遗传精细映射 这是一种遗传精细映射方法，在目标基因组区域的SNPS中结合了连锁不平衡（LD）矩阵的致密LD块结构。 先决条件 分析需要MATLAB。 “ denseLD.m”是用于密集块检测的MATLAB函数，该函数最初来自先前程序包的“ NICE.m”。 “ denseLD.m”比“ NICE.m”具有更快的功能。 密集LD块检测可以在MATLAB中执行，也可以由R使用R包中的函数“ dense_block”来调用。 DenseLD还需要R包genlasso，图形和R.matlab进行分析。 在分析之前，请安装这些软件包。 DenseLD分析实例 DenseLD_demo.html展示了使用DenseLD对模拟样本数据执行精细映射的示例。 demo_mat.html是使用MATLAB函数“ denseLD”进行密集LD块结构检测的示例。 实作 1
【文件预览】：
DenseLD-main
----demo_mat.html(46KB)
----README.md(1KB)
----demo_data.csv(308KB)
----DenseLD_demo.html(1022KB)
----demo_ldmx.csv(2.37MB)
----DenseLDmx.mat(1KB)