文件名称：helmsman:高效轻量的突变签名矩阵聚集
文件大小：13.98MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-17 19:20:08
bioinformatics somatic-variants sequencing vcf mutational-signatures
公告内容 2020-07-22关键错误 在1.4.4版或更早的版本中，当使用Helmsman处理制表符分隔的文本输入时（即，使用--mode txt选项），代码中的错误导致样本标签相对于最终突变计数未正确排序，这导致突变计数和光谱在样本标签之间被打乱。 此问题未影响任何其他输入模式（例如--mode vcf ， --mode agg或--mode maf ），并且似乎未影响的任何的结果。 我们敦促所有使用--mode --mode txt处理数据的用户，以确保他们使用的是Helmsman的1.5.0+版本。 感谢查找并修复此错误。 快点哦—— 我们一直都知道您想要我们。 （摘自希尔达·杜利特尔（Hilda Doolittle [1886-1961]的“舵手”） 介绍 Helmsman是一种实用工具，用于从大量的下一代测序数据集中快速有效地生成突变谱矩阵，可用于各种突变特征分析工具。
【文件预览】：
helmsman-master
----.travis.yml(2KB)
----helmsman.py(15KB)
----docs()
--------faq.md(2KB)
--------usage.md(15KB)
--------index.md(6KB)
--------support.md(357B)
----tutorial.ipynb(11KB)
----data()
--------chr22.16050075-16992642.1kg.phase3.vcf.gz(2.62MB)
--------chr22.fasta.gz(10.21MB)
--------chr22.16050075-16992642.1kg.phase3.subtype_count_matrix.txt(1.02MB)
--------chr22.fasta.gz.fai(20B)
--------gsc_LIHC.subtype_count_matrix.txt(153KB)
----test()
--------plot_fig1.R(3KB)
--------test_ss_ds.R(5KB)
--------README.md(174B)
----assets()
--------Helmsman_white_bg.png(583KB)
--------helmsman_logo2.png(29KB)
--------figS2.png(324KB)
--------fig1_v3.png(81KB)
--------fig1_v2.png(14KB)
--------fig1.png(11KB)
--------figS1.png(80KB)
--------helmsman_logo.png(18KB)
--------randomly_generated_tumors.txt(183KB)
--------helmsman_text.png(6KB)
----env.yml(530B)
----mkdocs.yml(208B)
----Dockerfile(1KB)
----util.py(27KB)
----LICENSE(1KB)
----pip_reqs.txt(190B)
----out()
--------subtype_count_matrix.txt(17KB)
--------subtype_count_matrix_spectra.txt(49KB)
----.gitignore(107B)
----README.md(7KB)