文件名称：SIMM:SIMM：同时识别多个突变-开源
文件大小：9.39MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-18 21:47:30
开源软件
SIMM（多重突变的同时识别）管道提供了一个工作流程，将干净的读数与参考基因组对齐，在突变体和参考基因组之间调用 SNP，然后对 SNP 进行基因分型并同时识别来自不同突变体的因果突变，而无需野生型祖细胞的测序信息. 具有突变纯合表型的个体被放大并测序至 > 20X，然后用 SIMM 进行分析以确定导致突变表型的因果突变。 必要时需要对候选区域内的站点进行校正。 SIMM 已被证明可有效识别水稻和拟南芥中的因果突变。 它可以将候选 SNP 减少到几个站点。
【文件预览】：
SIMM
----bin()
--------genotype.pl(2KB)
--------soap.coverage(1.89MB)
--------identify_substitution.pl(6KB)
--------filter_genotype.pl(2KB)
--------samtools.pl(13KB)
--------extract_candidate_in_missing.pl(3KB)
--------addRef.pl(615B)
--------soap2sam.pl(3KB)
--------get_SNP.pl(1KB)
--------soap(281KB)
--------draw_candidate2.pl(5KB)
--------msort(111KB)
--------bowtie2-build(4.06MB)
--------soapsnp(2.16MB)
--------2bwt-builder(975KB)
--------genotype2.pl(2KB)
--------samtools(755KB)
--------filter_genotype2.pl(2KB)
--------stat.pl(419B)
--------correct_low_base.pl(2KB)
--------count_coverage_quality.pl(1KB)
--------coverage_correction.pl(3KB)
--------draw_candidate.pl(5KB)
--------get_exon_region.pl(5KB)
--------bowtie()
--------get_loc_info.pl(1KB)
----SIMM.pl(28KB)
SIMM maunal.pdf