文件名称：mcmc_clib:C程序简化ODE模型参数的歧管MALA采样
文件大小：736KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-03 16:15:05
C++
mcmc_clib 用C语言编写的用于简化大都会经调整的Lengevin算法（SMMALA）采样常微分方程的参数的程序。 主要目的是使模型适合系统生物学中的数据。 主程序依赖于，以及cvodes，用于通过（正向）敏感性分析来集成初始值问题。 楷模 系统生物学模型通常很大，因此应该尽可能自动地处理它们。 如果用户已经有一个很好的方法，并且可以创建cvodes兼容的C文件和标头，则不需要本节中提到的工具。 我们选择了Sbtab到vfgen工作流程，以实现源代码创建的自动化。 我们依靠工具为模型创建C代码，包括Jacobian方程和灵敏度方程。 VFGEN依赖 ， 和 （ ）。 SBtab用于记录模型。 这是电子表格格式，可以轻松进行模型编辑。 并行化 该代码旨在在有大问题（约100个参数）的计算群集上运行，但也可以在有约25个参数theta问题上在工作站上运行。 对于较大的问题，适当