文件名称：Automatic Microarray Image Segmentation-开源
文件大小：151.17MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-17 09:02:40
开源软件
“ Amip” GUI旨在提供以下方法的代码示例：“具有不规则轮廓和内Kong的微阵列斑点的无监督图像分割”作者：Bogdan Belean，Monica Borda，JörgAckermann，Ina Koch和Ovidiu Balacescu Journal：BMC Bioinformatics，2015，16：412 https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-015-0842-3 PDE用于网格对齐，而自相关驱动的PDE和k-means聚类用于点分割。 拟议的分割程序产生从Cy3和Cy5荧光染料记录的微阵列图像的斑点中值强度值。 基于倍数变化因子，确定差异表达的基因。 可以处理具有单个斑点组和多个斑点组（372和324个斑点/组）的图像。 此类图像的示例来自GEO和SMD数据库。 例如，GSM102718-单点组的GEO实验。
【文件预览】：
gauss.m
tocrop
Untitled.m
ait_centroid.m
shock_filter.m
gui_help.m
find_spotgroupsGenepixbis.m
Horizontal_separators2bkp.m
lsqline.m
normalize.m
Amip.fig
upregspots.m
Normalisation.m
find_spotgroups.m
plotkmeans4upregulated.m
create_grid_sby.m
maximize.m
computeGenepixMAE.m
comp_bkgdinfo.m
MSE.m
linortfit.m
comp_spotinfo.m
create_grid.m
nhist.m
find_spotgroups_try.m
Amip.m
spot_segmentation.m
Horizontal_separators2.m
26409
----26409GENEPIX0.xls(4.58MB)
----26409_ch1.tif(14.85MB)
----26409_ch2.tif(14.85MB)
NormalisationGP.m
Horizontal_separators.m
preprocess.m
plotEllipse.m
GSM102718
----GSM102718.txt(13.61MB)
----~$GSM102718Elsevier.xlsx(165B)
----GSM102718.tif(49.47MB)
image_profile.m
Rotation.m
create_grid2Genepixbis.m
AT20395
----20395_ch1.tif(20.24MB)
----20395_ch2.tif(20.24MB)
----20395.xlsx(6.34MB)
find_centre.m
create_grid2.m
create_grid2beforerefinement.m
AT20385
----20385.xlsx(4.01MB)
----20385_ch2.tif(20.24MB)
----20385_ch1.tif(20.24MB)