文件名称：BRASSVis:融合可视化器，用于BRASS输出
文件大小：88.2MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-08 21:03:15
R
关于 软件提供了一个脚本，用于可视化RNA-seq数据中检测到的基因融合。 通过显示其断点，覆盖范围，细胞带，蛋白质结构域和其他比对信息，它可以准确地可视化所有检测到的融合物。 但是，此工具不适用于WGS数据。 因此，我们创建了BRASSVis，它是经过修改的Arriba可视化工具的包装。 使用此工具，可以使BRASS结构变体调用程序生成的BEDPE文件可视化。 储存库结构 . ├── annotations # Annotation files (for human genome GRCh37 and GRCh38) ├── ref # Reference files with cytobands and protein domains ├── src # Source files
【文件预览】：
BRASSVis-main
----tst()
--------T1_runs1-2_60X_vs_N1_SRR7890942_SRR7890943_30X.brass.annot.bedpe(607KB)
--------report.pdf(1.18MB)
----annotation()
--------Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz(37.52MB)
--------Homo_sapiens.GRCh38.103.gtf.gz(46.82MB)
----src()
--------BRASSVis.R(56KB)
--------install_packages.R(578B)
----Dockerfile(243B)
----LICENSE(34KB)
----README.md(4KB)
----ref()
--------protein_domains_hg19_hs37d5_GRCh37_v2.1.0.gff3(18MB)
--------protein_domains_hg38_GRCh38_v2.1.0.gff3(18.03MB)
--------cytobands_hg19_hs37d5_GRCh37_v2.1.0.tsv(28KB)
--------cytobands_mm10_GRCm38_v2.1.0.tsv(12KB)
--------protein_domains_mm10_GRCm38_v2.1.0.gff3(18.1MB)
--------cytobands_hg38_GRCh38_v2.1.0.tsv(28KB)
----.gitignore(580B)