文件名称：SMITER:合成mzML编写器
文件大小：70KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-01 14:45:43
Python
笑脸 概括 Python库可基于化学公式创建合成的mzMLs文件。 可以对所有分子进行模拟，以抽象为化学式。 抽象的 SMITER（合成mzML编写器）是基于python的命令行工具，旨在模拟LC-MS / MS的运行。 由于所有计算均基于化学式，因此它可以模拟任何生物分子。 由于SMITER具有模块化设计，因此可以轻松实现或调整噪声和碎片模型。 默认情况下，SMITER使用已建立的噪声模型，并提供几种肽片段化方法或两种核苷片段化模型。 由于拥有丰富的python生态系统，因此可以轻松实现其他模块（例如用于保留时间的预测），以针对任何选择的分子进行量身定制的仿真。 这样可以轻松创建用于任何类型实验的已定义金标准LC-MS / MS数据集。 在计算质谱分析中需要这样的黄金标准（已知地面真相），以测试新算法并改善现有算法的参数。 类似地，金标准数据集可用于评估分析障碍，例如通过预测分子的共洗脱
【文件预览】：
SMITER-dev
----.gitignore(2KB)
----setup.cfg(449B)
----check_and_fix_style.sh(164B)
----README.rst(4KB)
----smiter()
--------params()
--------peak_distribution.py(2KB)
--------noise_functions.py(14KB)
--------.pyre_configuration(252B)
--------synthetic_mzml.py.bck(6KB)
--------cli.py(379B)
--------__init__.py(565B)
--------ext()
--------fragmentation_functions.py(7KB)
--------todos.md(218B)
--------lib.py(4KB)
--------synthetic_mzml.py(22KB)
----tests()
--------test_peak_distribution.py(121B)
--------test_synthetic_mzml.py(19KB)
--------test_lib.py(5KB)
--------test_fragmentation.py(1KB)
--------__init__.py(36B)
--------test_noise_injection.py(7KB)
--------data()
--------test_smiter_cli.py(513B)
----CONTRIBUTING.rst(3KB)
----docs()
--------make.bat(768B)
--------contributing.rst(33B)
--------conf.py(5KB)
--------installation.rst(1KB)
--------index.rst(303B)
--------history.rst(28B)
--------authors.rst(28B)
--------usage.rst(67B)
--------readme.rst(27B)
--------Makefile(607B)
----LICENSE(1KB)
----HISTORY.rst(89B)
----example_scripts()
--------inspect_simulated_peak.py(2KB)
--------simulate_fasta.py(6KB)
--------complex_mix_simulation.py(1KB)
--------write_peptides.py(1KB)
--------write_simulated_mzML.py(895B)
--------write_filtered_mzml.py(2KB)
--------write_simulated_peaks_adenosine_inosine.py(2KB)
--------plot_simulated_chromatogram.py(2KB)
----.pyup.yml(1KB)
----codecov.yml(390B)
----requirements.txt(221B)
----example_data()
--------example_molecules.csv(594B)
----MANIFEST.in(262B)
----pyproject.toml(627B)
----setup.py(1KB)
----.travis.yml(362B)
----tox.ini(1KB)
----AUTHORS.rst(169B)
----Makefile(2KB)
----requirements_dev.txt(250B)