文件名称：treetime:带时间戳的系统发育和祖先重建的最大似然推断
文件大小：426KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-01 10:02:38
phylogenetics Python
TreeTime：最大似然定年和祖先序列推断 概述 TreeTime提供了用于祖先序列重建和分子钟系统发生学推论的例程，即一棵树，其中所有分支都按比例缩放，使得末端节点的位置对应于其采样时间，内部节点位于最可能的发散时间。 为了优化时间尺度系统发育的可能性，TreeTime使用一种迭代方法，该方法首先根据给定的树的分支长度来推断祖先序列，然后优化时间轴上不受约束的节点的位置，然后重复此循环。 唯一的拓扑优化是（可选）解析多面体的方式，这种方式与树上的采样时间约束最（近似）一致。 该软件包旨在用作命令行上的独立工具，或用作较大的系统发育分析工作流程中使用的库。 。 除了脚本TreeTime或经由命令行使用它，也有在一个小型Web服务器 。 看看我们的和。 特征 祖先序列重建（边缘和联合最大似然） 分子时钟树推论（边际和联合最大似然） GTR模型的推论 重生以最大化时间信号并优化根尖
【文件预览】：
treetime-master
----.travis.yml(634B)
----.readthedocs.yml(608B)
----.travis_test.sh(162B)
----changelog.md(4KB)
----bin()
--------treetime(334B)
----docs()
--------flu_200.png(18KB)
--------requirements.txt(43B)
--------Makefile(8KB)
--------source()
----treetime()
--------seqgen.py(3KB)
--------gtr_site_specific.py(16KB)
--------clock_tree.py(43KB)
--------distribution.py(11KB)
--------merger_models.py(12KB)
--------utils.py(18KB)
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--------nuc_models.py(7KB)
--------node_interpolator.py(10KB)
--------seq_utils.py(14KB)
--------__init__.py(881B)
--------wrappers.py(44KB)
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--------treeregression.py(22KB)
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--------config.py(976B)
--------treeanc.py(68KB)
--------argument_parser.py(17KB)
--------gtr.py(36KB)
--------aa_models.py(4KB)
----.pylintrc(1KB)
----test()
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--------test_treetime.py(10KB)
--------run_tests.py(199B)
----benchmarking()
--------sequence_algorithms.py(789B)
--------timetree_algorithms.py(3KB)
----LICENSE(1KB)
----setup.py(2KB)
----.gitignore(1KB)
----README.md(12KB)
----contributing.md(553B)