文件名称：PBHMDA：基于路径的人类微生物-疾病关联预测
文件大小：945KB
文件格式：PDF
更新时间：2024-05-06 20:01:56
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随着测序技术和微生物学的发展，已经发现微生物与各种重要的人类疾病密切相关。 从人类微生物的角度来看，对人类微生物-疾病关联的日益认识为深入了解疾病机理提供了重要的见识，这对于研究发病机理，促进早期诊断和改善精密医学非常有帮助。 但是，目前在该领域的知识仍然有限，并且距离完成还很遥远。 在这里，我们基于已知的微生物-疾病关联和高斯相互作用谱内核相似性的微生物和疾病的集成提出了基于路径的人类微生物-疾病关联预测（PBHMDA）的计算模型。 实施了一种特殊的深度优先搜索算法，以遍历微生物与疾病之间的所有可能路径，以推断出最可能与疾病相关的微生物。 结果，PBHMDA在全局和局部留一法交叉验证的框架中分别具有0.9169和0.8767的AUC（ROC曲线下的面积）获得了可靠的预测性能。 基于5倍交叉验证，0.9082±0.0061的平均AUC进一步证明了所提出模型的效率。 对于肝硬化，1型糖尿病和哮喘的案例研究，之前发表的实验文献分别确认了前10名中的9、7和9种预测微生物。 我们已经公开发布了优先考虑的微生物-疾病关联，这可能有助于选择最有潜力的对，以进一步指导实验确认。 总之，PBHMDA可能有可能促进新型微生物疾病关联的发现，并有助于未来微生物参与人类疾病机制的研究工作。 PBHMDA的代码和数据可从http://www.escience.cn/system/file?fileId=85214免费获得。