文件名称：回声甲基
文件大小：1.23MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-08 03:31:09
R
此文件夹包含HPC NYU Langone Bigpurple（SLURM）的Shell和R脚本 项目：ECHO_EWAS甲基化数据 此处的脚本适用于目标亚硫酸氢盐测序（Methyl-Seq），这是下一代测序技术，用于通过在测序之前用亚硫酸氢钠处理DNA来提供甲基化C的单碱基拆分状态。 分析工作流程 质量控制分析：FASTQC 比对：DRAGEN甲基化管道3.2.8执行比对，甲基调用，并基于BisMark计算比对和甲基化指标 注释和差异甲基化分析：MethylKit（hg38）（请参阅Methylkit.r） 鉴定差异甲基化的基因座/区域（请参阅Methylkit.r）
【文件预览】：
ECHO_Methylome-master
----plot_diffMethPerChr.Rmd(8KB)
----Methy_call.sh(699B)
----Methyl_QC.r(1024B)
----MethylKit.r(7KB)
----README.md(738B)
----Workflow.png(237KB)
----Circular-Manhattan.P.jpg(1.09MB)