Plant_Co-occurrence_Patterns

【文件属性】：
文件名称：Plant_Co-occurrence_Patterns
文件大小：623KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-06-04 08:00:18
R Blois 等人 2014 年的测试 李德11/20/2014 该项目测试了 Blois等人生态学论文框架的有效性，以解开共存物种的不同机制。 它有以下步骤： 测试整体共现模式的随机性。 结果存储在cscores 。 测试所有可能的物种对的共现显着性。 在测试数据集中，我们有 100 个物种，所以我们有 selection choose(100, 2) = 4950对。 我们将收集所有显着的正 ( pairs.pos ) 和负 ( pairs.neg ) 共现物种对。 测试每个重要对的潜在机制。 特别是，我们在这里只测试了环境过滤和物种相互作用，没有测试分散限制。 对于正对，我们比较了它们都存在的位点和它们都不存在的位点。 如果这两组站点在环境条件上有显着差异，那么我们推断可能的机制为环境过滤。 如果不是，我们推断为物种相互作用。 但是，它们存在一些问题： 我们可能不包括所有重

【文件预览】：
Plant_Co-occurrence_Patterns-master
----Blois_et_al_ecography_cooc.R(13KB)
----Rcode()
--------cooctest.Rmd(5KB)
--------funs_include_geodist_envi.R(12KB)
--------1-site-cscores-local.R(2KB)
--------functions.R(12KB)
--------0-pkgs-funcs-data.R(849B)
----testresult.RData(435KB)
----xy.Rdata(137KB)
----.gitignore(29B)
----README.md(8KB)
----truth.Rdata(52KB)
----simulation.R(1KB)