文件名称：ConfocalGN:从地面真实信号生成模拟共聚焦数据
文件大小：280KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-02 19:32:29
MATLAB
共聚焦GN 概述 ConfocalGN是可以模拟共焦成像的MATLAB程序。 合成共焦图像堆栈可以用作图像分析程序的测试图像，从而可以将分析输出与提供的用于构建合成图像的“地面真相”进行比较。 通过使用足够的PSF可以模拟其他类型的显微镜 ConfocalGN从指定为 荧光团的位置或 高分辨率的3D图像矩阵。 该图像被像素化，并与共焦显微镜的PSF的高斯近似进行卷积。 还添加了噪声，但是ConfocalGN可以自动从样本共聚焦图像中提取噪声的特征，以确保模拟图像具有与真实图像相同的噪声特征。 此外，ConfocalGN可以可选地包括荧光团随机性和背景荧光。 要求 要使用共聚焦发生器，用户必须提供： 1-事实truth ，或者 1A- truth.source ：一组荧光位置（作为matlab矩阵或保存在文本文件中）。 然后将其转换为高分辨率图像（3D矩阵）。 该转换可以包括荧光团随机性和
【文件预览】：
ConfocalGN-master
----gtm()
--------make_img_from_points.m(3KB)
--------generate_image.m(2KB)
--------rotmat_3D.m(521B)
--------make_ground_truth.m(900B)
--------gtm_options_default.m(1KB)
--------tiff_saver.m(615B)
--------gtm_options_load.m(931B)
--------saveastiff.m(12KB)
----cgn()
--------gamma_params.m(534B)
--------stack_generator.m(4KB)
--------provide_image_mask.m(529B)
--------get_img_params.m(2KB)
--------complete_options.m(793B)
--------box_muller.m(404B)
--------cgn_convolve.m(2KB)
--------postpad.m(2KB)
--------cgn_options_load.m(727B)
--------pixel_distribution.m(2KB)
--------cgn_options_default.m(870B)
--------convolve_with_gaussian_psf.m(483B)
--------confocal_generator.m(5KB)
--------stack_from_img.m(703B)
--------plot_simul_results.m(1KB)
--------generate_stacks.m(4KB)
--------poisson_rand.m(527B)
--------gamma_random_parallel.m(2KB)
--------gamma_random.m(1KB)
--------get_stack.m(2KB)
--------moments.m(440B)
--------fftconvn.m(6KB)
--------gauss3filter.m(6KB)
--------convolve_with_psf.m(552B)
----segmentation()
--------segment_image.m(1KB)
--------threshold.m(458B)
--------convertpoints.m(2KB)
--------otsu_threshold.m(941B)
----sample_image.tiff(155KB)
----gtm_options.m(1KB)
----cgn_startup.m(441B)
----cgn_options.m(944B)
----gauss_psf.tiff(407KB)
----README.md(6KB)
----cgn_example.m(3KB)
----ground_truth.txt(32KB)
----readfiles()
--------txt_options.m(740B)
--------import_from_text.m(3KB)
--------load_points.m(460B)
--------readtext.m(21KB)
----LICENCE.md(34KB)
----matned()
--------show_image.m(8KB)
--------image_histogram.m(2KB)
--------show.m(6KB)
--------image_auto_colors.m(1KB)
--------image_get_pixels.m(796B)
--------tiffread.m(32KB)