【文件属性】：
文件名称：马斯特2021
文件大小：325KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-02-16 03:24:30
R
马斯特2021
大纲
用于分析MAESTER数据的脚本集合。 此大纲（也是本文的补充图5）显示了如何使用脚本。
1_预处理
过滤细胞条形码（CB），并从Read 2 fastq的读取ID中的Read 1 fastq生成具有CB和唯一分子标识符（UMI）的fastq文件。 assembleFastq.PvG210215.R
对齐后，获取bam文件，并将读取的ID中的CB和UMI添加为bam标签。 Tag_CB_UMI.PvG191004.sh
通过执行额外的QC并生成野生型/突变细胞表来处理IronThrone-GoT摘要表。 201116_GoT_QC.R
取得MAEGATK的输出，并沿着线粒体基因组绘制覆盖范围。 210124_MT_coverage.R
2_下游分析
此文件夹中的脚本用于组合scRNA-seq，MAESTER和GoT数据的下游分析。
1.细胞系混合聚类和清除
使
【文件预览】：
MAESTER-2021-main
----Figure_S5_pipelines.png(292KB)
----1_Pre-processing()
--------Tag_CB_UMI.PvG191004.sh(1KB)
--------201116_GoT_QC.R(8KB)
--------assembleFastq.PvG210215.R(4KB)
--------210124_MT_coverage.R(5KB)
----LICENSE(1KB)
----README.md(3KB)
----2_Downstream_analysis()
--------210204_LineageBias.R(9KB)
--------210201_CTL_correlation.R(5KB)
--------210201_Heatmap.R(4KB)
--------210123_BPDCN712_UMAP.R(10KB)
--------201129_TenX_CellLineMix_variants.R(14KB)
--------201203_TenX_K562_clones.R(9KB)
--------201101_SW_CellLineMix_decontX.R(10KB)
--------210124_Variants_Of_Interest.R(18KB)
--------201119_SW_K562_clones.R(11KB)
--------210209_Slingshot.R(4KB)
--------200915_TenX_CellLineMix_decontX.R(7KB)
--------201101_SW_CellLineMix_variants.R(13KB)