MRlap:R程序包使用（可能）重叠的样本执行两样本孟德尔随机化（MR）分析

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文件名称：MRlap:R程序包使用（可能）重叠的样本执行两样本孟德尔随机化（MR）分析
文件大小：123.49MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-23 00:55:24
R MRlap :information: MRlap仍在积极开发中。 概述 MRlap是一个R程序包，仅使用GWAS摘要统计信息即可使用（可能）重叠的样本执行两样本孟德尔随机化（MR）分析。 由于暴露和结果样本之间的重叠，使用较弱的工具和获胜者的诅咒，因此MR估算可能会受到不同类型的偏见。 我们的方法使用跨特征LD评分回归（LDSC）来近似重叠，从而同时解决所有这些偏差并进行校正。 使用我们的方法估算校正后的效果可以作为敏感性分析：如果校正后的效果与观察到的效果没有显着差异，则可以安全地使用IVW-MR估算值。 但是，当存在显着差异时，应首选校正效果，因为它们应减少偏差，而与样品重叠无关。 该软件包建立在 R软件包的基础上，以执行交叉特征LDSC和 R软件包，以进行反方差加权（IVW-）MR分析（和仪器修剪）。 只有一种功能可用： MRlap() 执行LDSC，IVW-MR分析并提供校正的因果效应估计的主

【文件预览】：
MRlap-master
----.gitignore(29B)
----NAMESPACE(125B)
----R()
--------data.R(1KB)
--------utils-pipe.R(207B)
--------run_LDSC.R(5KB)
--------get_correction.R(5KB)
--------tidy_inputGWAS.R(5KB)
--------run_MR.R(4KB)
--------MRlap.R(10KB)
----data()
--------SmallExposure_Data.rda(19.12MB)
--------SmallOutcome_Data.rda(19.08MB)
----.Rbuildignore(45B)
----LICENSE(15KB)
----doc()
--------MRlap-manual.pdf(81KB)
----man()
--------pipe.Rd(261B)
--------MRlap.Rd(3KB)
--------SmallOutcome_Data.Rd(881B)
--------SmallExposure_Data.Rd(886B)
----README.md(16KB)
----inst()
--------Scripts()
--------Data()
--------Figures()
----README.Rmd(16KB)
----MRlap.Rproj(386B)
----DESCRIPTION(1KB)