文件名称：HiC1Dmetrics：此存储库包含“ HiC1Dmetrics”的代码和基本教程
文件大小：52.55MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-08 12:00:51
Python
HiC1Dmetrics 该存储库包含“ HiC1Dmetrics”的代码和基本教程 介绍 基本上，HiC1Dmetrics主要提供三种功能： 计算和可视化一个Hi-C样本的多个一维指标。 方向指数（DI）（ ） 绝缘得分（IS）（ ） 对比度指数（CI）（ ） TAD分离分数（TADsep）（ ） 远端与本地比率（DLR）（ ） 隔层PC1（ ） 更多建筑... 计算和可视化一维度量以比较两个Hi-C样本 方向比频率，DRF（原始度量） 差分DLR（ ） 绝缘分数变化（ ） 更多建筑信息... 提取并可视化由DRF指标定义的所有“定向TAD”站点。 要求 HiC1Dmetrics基于python 3.6 ，它需要numpy ， pandas ， scipy和matplotlib库。 快速开始 “ HiC1Dmetrics”的关键功能是注释和绘制
【文件预览】：
HiC1Dmetrics-master
----MANIFEST.in(114B)
----.DS_Store(8KB)
----h1d()
--------calculateTwoSample.py(9KB)
--------Multi_samples_metrics.py(7KB)
--------jc()
--------calculateMetrics.py(17KB)
--------InteractionFreq.sh(2KB)
--------compareEmission.py(734B)
--------discrete.py(8KB)
--------loadfile.py(501B)
--------AsymmetricTad.py(0B)
--------MultiTypeScore.py(14KB)
--------plotMetrics.py(7KB)
--------calldTADAllchr.py(4KB)
--------IF.bedgraph(23KB)
--------calcuDiffCI.py(2KB)
--------plotTwoSample.py(8KB)
--------__init__.py(172B)
--------__main__.py(3KB)
--------test()
--------__pycache__()
--------callDirectionalTAD.py(9KB)
--------gd()
--------HiCmetric.py(3KB)
----metrics.bedGraph(28KB)
----IMG()
--------Figure2.png(426KB)
--------Figure6.png(419KB)
--------Figure1.png(211KB)
--------Figure7.png(446KB)
--------Figure3.png(197KB)
--------Figure4.png(269KB)
----setup.py(846B)
----README.md(8KB)
----test_data()
--------Control_1()
--------emissions_8.png(18KB)
--------emissions_9.png(15KB)
--------Rad21KD_1()
--------emissions_9.txt(1KB)
--------emissions_8.txt(1KB)
----Streamlit20201020()
--------SessionState.py(3KB)
--------calculateMetrics.py(7KB)
--------loadfile.py(434B)
--------Rad21KD.chr21.txt(20.46MB)
--------plotMetrics.py(4KB)
--------plotDiff.py(5KB)
--------web_app_HiC1Dmetrics.py(12KB)
--------Control.chr21.txt(19.52MB)
--------__pycache__()
--------callDirectionalTAD.py(7KB)
----LISENSE(34KB)
----metrics.pdf(146KB)