【文件属性】：
文件名称：COVID随机拟合：用于将随机模型拟合到COVID数据的存储库
文件大小：445.65MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-02-22 05:53:25
covid-19 HTML
COVID随机拟合
代码和数据存储库，用于拟合美国SARS-CoV-2传输的州级随机模型。
概述
请访问网站链接以获取有关模型的说明，拟合过程，结果以及更多详细信息。 简而言之，该存储库包含重现我们的工作所需的数据和代码，该工作适合SEIR模型，以适用于美国50个州的SARS-CoV-2病例和死亡的每日报告。 我们的工作严重依赖R包盛况。
如何产生结果
与生成结果相关的三个主要例程：
下载数据并为每个状态创建pomp模型对象
拟合模型使用盛况::数据mif2功能通过迭代滤波来执行最大似然估计。
从拟合模型进行仿真和投影
对所有50个州的模型进行拟合在计算上要求很高，并且需要使用高性能计算集群。 此存储库中的所有脚本及其后续说明均设置为在乔治亚大学的HPC上运行。 这些脚本还假定您有权访问GACRC sapelo2群集上的Drake Lab covid19_p资源。
工作流程
使用uga