文件名称：基于位置关联权重矩阵的大肠杆菌启动子预测 (2007年)
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更新时间：2024-06-07 19:42:59
自然科学 论文
对实验证实的683条大肠杆菌sigma70启动子的序列进行保守性计算分析,获得四个保守的区域：-10区域是启动子最保守的功能元件,-35区域、转录起始位点附近及启动子上游 UP单元.从保守区中选取M6(1)值较大的10个保守位点的六联体频数作为参数、引入伪计数构建位置权重矩阵,利用位置关联打分函数对683条sigma70启动子进行预测.负集分别从编码区和非编码区选取700条序列进行算法检验,获得很好的结果,敏感性分别为91% 和90% .进而利用位置关联打分函数对大肠杆菌整条序列进行搜索,获得1567条预