文件名称：细节增强的matlab代码-RIPPLE:波纹
文件大小：137.74MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-15 20:33:52
系统开源
细节增强的matlab代码自述文件 RIPPLE：促进剂和远程增强剂的调控相互作用预测 该存储库包含补充代码，以重现以下手稿的结果： 细胞系特定的长期调节相互作用的预测建模方法Sushmita Roy，Alireza Fotuhi Siahpirani，Deborah Chasman，Sara Knaack，Ferhat Ay，Ron Stewart，Michael Wilson，Rupa Sridharan **新的！ 2016年11月18日：我们已重新实现并使用C ++重做我们的实验。 请访问此页面获取C ++版本** 有关更多详细信息，请访问 版本1.0 2015年7月 接触 内容 代码/ generatefeatures / C ++代码以生成功能（主要结果） 使用10倍cv运行/训练分类器的matlab / MATLAB代码。 testAllfeatures_crosscellline.m：从训练有素的分类器中加载分类器并测试特征文件以生成预测。 分类器将输出给定的增强子-启动子对相互作用的概率。 runAllfeatures_crosscellline.m：对5C数据（在d
【文件预览】：
RIPPLE-master
----README.txt(2KB)
----contributors.txt(15B)
----data()
--------hicrnaseq()
--------rnaseq()
--------hicregions()
--------5cregions()
--------5cfeatures()
--------hicfeatures()
----code()
--------matlab()
--------generatefeatures()
--------hicmatlab()
----README.md(3KB)
----trainedclassifiers()
--------H1hesc()
--------K562()
--------Gm12878()
--------Helas()
----predictions()
--------Gm12878.txt(659KB)
--------Hepg2.txt(1.28MB)
--------K562.txt(1.11MB)
--------H1hesc.txt(474KB)