文件名称：matlab分时代码-LAceModule:花边模块
文件大小：1.59MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-10 14:57:10
系统开源
matlab分时代码花边模块 介绍 竞争性内源RNA（ceRNA）通过竞争性结合它们共享的microRNA相互调节。 这是转录后的重要调节机制，在生理和病理过程中起着至关重要的作用。 当前用于鉴定ceRNA对的计算方法主要基于ceRNA候选表达与共享microRNA数量的相关性，而不考虑相关性对共享microRNA表达水平的敏感性。 为克服此限制，我们引入了液体关联（LA），这是一种动态关联度量，可以评估ceRNA与microRNA的关联的敏感性，作为检测ceRNA的其他因素。 在这里，我们提出了一个基于LA的框架，称为LAceModule，通过将常规Pearson相关系数和动态相关LA与多视图非负矩阵分解相结合来识别ceRNA模块。 平台 LAceModule用R语言开发。 但是多视图NMF是一个耗时的过程，特别是对于大型矩阵。 我们使用Liu等人提供的用于快速多视图NMF的matlab代码。 在他们的论文[1]中。 因此，请在运行代码之前安装matlab（R2016和更高版本）。 您还应该在R中安装R.matlab软件包，以将数据和命令从R转换为matlab。 资料准备 LAceM
【文件预览】：
LAceModule-master
----.gitattributes(66B)
----src()
--------Rscript.R(2KB)
--------mulNMF()
--------function.R(5KB)
----LICENSE(1KB)
----README.md(3KB)
----data()
--------data.RData(1.56MB)