文件名称：dBEAST:消化野兽-开源
文件大小：2.77MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-20 22:56:41
开源软件
该代码已用于研究： 中非和东非主要 HIV-1 亚型的不同传播率和模式； PLoS Pathogens 2019 https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1007976 请注意，代码包含测试输入数据，不一定会重现手稿中包含的结果。
【文件预览】：
dbeastV1
----output()
--------subtype_C_figures.pdf(40KB)
----functions.R(7KB)
----locations()
--------locations.unique.csv(323B)
----digestMarkovChain.R(3KB)
----markovjumps()
--------subC_Markov_locations_CompleteHistory.txt(8.34MB)
----notes.txt(466B)
----digested()
--------subtype_C.estimates.origin_Kinshasa.csv(47KB)
--------subtype_C.origin_Kinshasa.csv(18KB)
--------subtype_C.estimates.orig_Lubumbashi_dest_Kinshasa.csv(261KB)
--------subtype_C.orig_Lubumbashi_dest_Kinshasa.csv(18KB)
--------relcounts.time.norm.origin.Kinshasa.csv(13KB)
--------relcounts.time.origin.Kinshasa.csv(3KB)
--------subtype_C.estimates.dest_Kinshasa.csv(335KB)
--------subtype_C.dest_Kinshasa.csv(18KB)
--------relcounts.cumsum.time.norm.origin.Kinshasa.csv(14KB)