文件名称：symphony:使用Symphony进行高效，精确的单细胞参考图谱映射
文件大小：1.14MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-03 08:51:05
r mapping scrna-seq bioinfo R
交响乐 使用Symphony进行高效，精确的单细胞参考图谱映射 安装 使用以下命令从安装当前版本的Symphony： # install.packages("devtools") devtools :: install_github( " immunogenomics/symphony " ) 安装注意事项： 您可能需要安装最新版本的devtools（因为GitHub最近从“ master”更改为“ main”，这可能会导致install_github失败）。 您可能还需要安装最新版本的Harmony： devtools :: install_github( " immunogenomics/harmony " ) 用法/演示 讲解 查看，以获取有关如何构建自定义引用并将其映射的示例。 请查看以获取有关如何根据手稿中的数据集映射到所提供的Symphony参考的示例。 下载预构建
【文件预览】：
symphony-main
----.gitattributes(1KB)
----vignettes()
--------pbmcs_tutorial.ipynb(288KB)
--------libs.R(313B)
--------prebuilt_references_tutorial.ipynb(1.18MB)
--------data()
--------utils.R(5KB)
----NAMESPACE(628B)
----pre-built_references()
--------fetal_liver_reference_3p.rds(134B)
--------pbmcs_10x_reference.rds(133B)
--------pancreas_plate-based_reference.rds(132B)
--------pancreas_plate-based_uwot_model(132B)
--------README.md(1KB)
--------pbmcs_10x_uwot_model(133B)
--------fetal_liver_uwot_model(133B)
----DESCRIPTION(1KB)
----src()
--------singlecellmethods.cpp(9KB)
--------Makevars(64B)
--------Makevars.win(100B)
--------RcppExports.cpp(14KB)
--------utils.cpp(3KB)
--------.gitignore(15B)
----R()
--------buildReference.R(6KB)
--------globals.R(57B)
--------symphony-package.R(178B)
--------findVariableGenes.R(4KB)
--------mapQuery.R(5KB)
--------buildReferenceFromHarmonyObj.R(3KB)
--------RcppExports.R(3KB)
--------plotReference.R(4KB)
--------utils.R(7KB)
----configure(164B)
----.Rbuildignore(224B)
----LICENSE(46B)
----LICENSE.md(1KB)
----README.md(5KB)
----man()
--------buildReferenceFromHarmonyObj.Rd(1KB)
--------figures()
--------mapQuery.Rd(993B)
--------plotReference.Rd(1KB)
--------moe_correct_ref.Rd(627B)
--------soft_cluster.Rd(549B)
--------knnPredict.Rd(447B)
--------buildReference.Rd(1KB)
--------symphony.Rd(241B)
--------compute_ref_cache.Rd(510B)
----.gitignore(175B)
----README.Rmd(5KB)