TVB-knowledge-base-adapter:TVB知识库适配器

时间:2024-04-15 14:32:00
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文件名称:TVB-knowledge-base-adapter:TVB知识库适配器

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更新时间:2024-04-15 14:32:00

JupyterNotebook

无线电视知识库适配器 关于 TVB知识库(KB)适配器是一种新颖的方法流水线,可将来自文献挖掘数据库和知识本体的语义信息直接映射到Human Connectome Project(HCP)模板参考空间中的组合式标准脑模型中。 为实现此目的,我们开发了一个转换矩阵,该矩阵描述了解剖本体Uberon与HCP的多模式脑部细胞分裂以及其他标准脑图集之间的关系。 安装 要使用适配器,请克隆整个文件夹结构。 该代码已通过python 3.8版进行了测试和验证。 运行KB适配器 通过在目录中运行ipython笔记本,可以满足所有先决条件。 笔记本可以在下面找到 ./TVB-KB_Adapter_v01/MappingOnTheFly.ipynb 参考 Arslan,S.,SI Ktena,A.Makropoulos,EC Robinson,D.Rueckert和S.Parisot(2017)。 “人脑图


【文件预览】:
TVB-knowledge-base-adapter-master
----TVB-KB_Adapter_v01()
--------semantic_associations.py(3KB)
--------.ipynb_checkpoints()
--------__pycache__()
--------wb_cifti.py(7KB)
--------MappingOnTheFly.ipynb(196KB)
----Parcellations()
--------aseg_mni152.nii.gz(363KB)
--------Glasser()
--------Freesurfer()
----LICENSE(1KB)
----README.md(6KB)
----TransformationMatrices()
--------mapping_Glasser_Uberon.tsv(59KB)

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