文件名称：ROAD：ROAD使用RNA折纸方法促进了RNA纳米结构的设计
文件大小：254KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-06 05:22:34
design origami rna Perl
道路：RNA折纸自动化设计 ROAD软件包使用RNA折纸方法使RNA纳米结构的设计自动化，并包括以下主要程序： RNAbuild-从蓝图生成3D PDB坐标文件。 左轮手枪-重复突变随机化的RNA起始序列，直到在ViennaRNA折叠模型下折叠成目标2D结构。 Batch_revolvr-多次运行Revolvr以为同一蓝图创建不同的候选设计。 RNAvis-分析和设计蓝图中的一条潜在折叠路径并设置其动画效果。 flip_trace-在所有四个可能的方向上输出一个蓝图。 trace_analysis-解析蓝图并输出分析和该蓝图的有用变体。 trace_pattern-解析一个蓝图，并输出该蓝图中的结构的点-原义符号以及序列约束。 它为左轮手枪创建输入。 跟踪-边线序列上的蓝图。 仅由左轮手枪使用。 引用路 在出版物中使用此软件时，请引用： 安装要求： 要运行RNAbu
【文件预览】：
ROAD-main
----Motif_Library.txt(15KB)
----LICENSE(1KB)
----README_Design_Tutorial.txt(149KB)
----README.md(2KB)
----bin()
--------RNAbuild.pl(134KB)
--------RNApath.pl(162KB)
--------nt_diff.pl(9KB)
--------batch_revolvr.pl(2KB)
--------trace_analysis.pl(38KB)
--------flip_trace.pl(11KB)
--------ligate.pl(6KB)
--------pattern.txt(9KB)
--------revolvr.pl(87KB)
--------trace_pattern.pl(17KB)
--------origin_5.pl(9KB)
--------RNA_lib.pdb(623KB)
--------PlaneFitPDB.pl(10KB)
----Sample_RNA_Origami_Patterns.txt(186KB)
----license.txt(1KB)