文件名称：darn:Dark mAtteR研究者
文件大小：2.03MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-16 02:18:03
HTML
DARN-Dark mAtteR研究者 这是Dark mAtteR iNvestigator工具（DARN）。 DARN使用COI参考生命树将您的序列分配给3个生命域。 其目的不是要为您提供某些分类学任务，而是要概述当前的物种。 方法 要构建DARN，我们必须构建面向COI的生命之树。 这是我们遵循的方法。 输出 对示例运行DARN之后，您将获得2个.html格式的Krona交互式图，如下所示： 第一个Krona图是基于查询序列的最佳匹配分配的似然值。 这样，您可以对样本中最有可能实际拥有的内容进行概述。 要更全面地了解此类克朗，请点击。 第二个Krona图基于对序列的最佳匹配分配的二进制解释，这意味着，无论每个查询的最佳匹配的似然值如何，我们都将所有分配视为相等，以获取分配的定量概览。 有关更多信息，请单击。 克朗（Krona）绘图伴随有它们来自的配置文件以及一个.json文件
【文件预览】：
darn-main
----figures()
--------darn_logo.png(67KB)
--------darn_workflow.png(549KB)
--------darn_krona.png(233KB)
----parse_per_query.py(6KB)
----Dockerfile.darn(1KB)
----analysis()
--------final_outcome()
--------intermediate()
--------README.md(683B)
--------marine_part.fasta(129KB)
----Singularity.test(492B)
----README.md(3KB)
----darn.sh(8KB)
----docs()
--------TAXONOMY_ALL(157KB)
--------magic_tree_aln.phy(6.68MB)
--------magic_tree_aln.fasta(5.92MB)
--------magicTree.bestTree(103KB)