文件名称：PeleAI:根据模拟数据创建评分函数
文件大小：40KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-03 02:02:39
graph ligand scoring-functions graph-statistics Python
目录 贝莱 PeleAI-3D的目标是根据从分子模拟方法（如蒙特卡洛或对接）获得的模拟数据创建特定于目标的得分函数。 为此，计算出包含配体的结合位点的基于图的拓扑描述，此后可用于拟合预测给定姿势的活性或结合能的模型。 要求 安装rdkit版本并激活环境，然后再安装所需的软件包： conda create -c conda-forge -n my-rdkit-env rdkit conda activate my-rdkit-env 然后，您可以安装： numpy==1.19.0 pandas==1.1.4 prody==1.11 sklearn==0.23 xgboost==1.3.0 lightgbm==3.1.0 pip install -r requirements.txt 用法 该方法可以三种不同的方式运行：图形，拟合或管道。 第一个图， graph ，专门用于从配体结合
【文件预览】：
PeleAI-master
----requirements.txt(112B)
----LICENSE(1KB)
----setup.py(13B)
----README.md(3KB)
----run_file.sh(192B)
----.gitignore(2KB)
----PeleAI()
--------input.yaml(535B)
--------utils()
--------models()
--------parsing()
--------peleAI3d.py(22KB)
--------__init__.py(0B)
--------graph()
--------preprocessing()