文件名称：Sex_chromosomes
文件大小：8KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-07 21:33:21
Shell
性染色体 1.使用萨摩将性染色体与参考基因组对齐 萨摩（Satsuma）是一种工具，可以可靠地比对大型复杂的DNA序列，从而提供最大的灵敏度（找到所有可以找到的东西），特异性（仅找到真正的同源性）和速度（容纳数十亿个脊椎动物基因组碱基对）。萨摩通过新颖的策略解决了这三个问题：（i）通过快速傅立叶变换实现的互相关； （ii）消除几乎所有错误命中的比赛计分方案； （iii）类似于“战舰”的异步搜索，允许在一台机器上使用15个处理器在120个CPU小时内对齐两个完整的鱼类基因组（470和217 Mb）。 Satsuma是Spines软件包的一部分，该软件包在Linux上用C ++实现。最新版本的Spines可以在这里通过LGPL许可免费下载。 Grabherr，MG等。 （2011）通过高度敏感的序列比对进行全基因组协同：萨摩（Satsuma）。生物信息学。 2010 May 1; 26（9
【文件预览】：
Sex_chromosomes-master
----SatsumaSynteny.sh(216B)
----SatsumaSynteny_instructions(1KB)
----README.md(4KB)
----Sex_identification()
--------Autosomal_bed_files(7KB)
--------Find_sex_scaffolds_satsuma(19KB)
--------Extract_XYregions_remove_overlap.txt(8KB)
--------SubsamplingGenomes.txt(14KB)
--------Reference_Minimunlength(920B)
----xy_ratio(348B)