文件名称：wetmsm:在 MD 轨迹中调查水
文件大小：540KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-25 15:56:02
Python
湿式 在 MD 轨迹中调查水。 安装 使用python setup.py install 这个包是在 Python 3.4 上编写和测试的。 Python 2 通过 python-future 包得到支持。 如果您遇到任何问题，请告诉我。 与 MSMBuilder 一起使用 安装程序将为msmb命令安装新的子命令。 SolventShellsFeaturizer ：特征化轨迹。 像任何其他 MSMBuilder featurizer 一样使用它。 SolventShellsAssigner ：用于生成原子到壳的“分配”以进行可视化 SolventApplyComponents ：我们可以利用分解模型（如 PCA 或 tICA）的线性系数来增强“重要”溶剂原子的可视化。 此命令将SolventShellsAssigner （将溶剂原子分配给特征）以及序列化分解模型（PCA 或 tICA
【文件预览】：
wetmsm-master
----wetmsm()
--------_vmd_write.pyx(3KB)
--------make_jobs.py(4KB)
--------analysis.py(6KB)
--------__init__.py(245B)
--------vmd_write.py(13KB)
--------testing()
--------.gitignore(17B)
--------shells.py(8KB)
----doc()
--------source()
--------Makefile(7KB)
--------.gitignore(13B)
----setup.py(567B)
----README.md(2KB)
----.gitignore(550B)