文件名称：pyguppyclient:适用于Guppy的Python客户端库
文件大小：48KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-11 02:15:18
python nanopore basecalling guppy Python
pyguppyclient 完整的Python客户端库，用于与guppy_basecall_server进行通信。 $ pip install pyguppyclient 要求 需要Guppy 4.4或更高版本，并且guppy_basecall_server必须已经在运行。 $ guppy_basecall_server --config dna_r9.4.1_450bps_fast.cfg -p 5555 -l /tmp/guppy -x ' cuda:0 ' 例子 最简单的用法是GuppyBasecallerClient类，该类采用config名称，并提供一种basecall方法，该方法接受读取并返回CalledReadData对象。 from pyguppyclient import GuppyBasecallerClient , yield_reads config =
【文件预览】：
pyguppyclient-master
----MANIFEST.in(63B)
----requirements.txt(106B)
----LICENCE.txt(14KB)
----examples()
--------pyguppyclient(1KB)
----tools()
--------proxy(748B)
--------monitor(7KB)
--------statsmon(2KB)
--------guppy_server_shutdown(520B)
----setup.py(930B)
----README.md(2KB)
----Makefile(1KB)
----pyguppyclient()
--------guppy_ipc()
--------utils.py(2KB)
--------ipc.py(5KB)
--------decode.py(8KB)
--------__init__.py(378B)
--------caller.py(3KB)
--------io.py(2KB)
--------client.py(8KB)
----tests()
--------caller_tests.py(591B)
--------client_tests.py(2KB)
----.gitignore(156B)
----development.txt(28B)
----.gitlab-ci.yml(873B)
----.coveragerc(172B)