文件名称：sita_eisa
文件大小：5.05MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-01 20:15:30
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使用EISA的SITA分析管道 使用选定实验条件的外显子-内含子分裂分析（EISA）进行成对比较可视化和应力诱导转录衰减（SITA）分析的管道。 该管道使用编写，并具有Python和R脚本，适合与HPC系统一起使用。 目录 待定 背景 SITA是在压力诱导后细胞中快速诱导的过程，引起全局转录变化，其中下调的基因比例远大于此过程中上调的基因比例。 待定 <<<<<<< HEAD 建立 剧本 待定 目录结构 由于该管道旨在在每次运行时处理单个GSE的所有选定SRR / GSM，因此当前有必要遵循以下目录体系结构。 每个GSE都有一个单独的文件夹，其中包含SraRunTable.txt元数据表。 在运行管道的第一步时，将自动生成子文件夹fastq，bam，缓存和已处理。 待定-制作图表 要求 Python（≥v3.x）和软件包： 熊猫（≥v0.25.3） bs4（≥v4.8.2） R（≥