CUA:用于密码子使用情况分析的软件包

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文件名称：CUA:用于密码子使用情况分析的软件包

文件大小：10.87MB

文件格式：ZIP

更新时间：2024-06-10 18:06:26

Perl

## 1。 生物CUA 这是一个Perl软件包，用于分析密码子使用偏倚。 ## 2。 目的 这种分发的目的是提供全面而灵活的工具来分析密码子使用偏倚（CUB）和相关问题。 一个氨基酸可以由多个同义密码子编码，同义密码子使用不均。 例如，在高度表达的基因中，某些密码子比其他同义密码子使用更多（I ）。 为了测量密码子使用的不均匀性，已经开发了多种密码子使用偏向度量，例如Fop（最佳密码子频率），CAI（密码子适应指数），tAI（tRNA适应指数）和ENC（有效密码子数） 。 偏向密码子的使用很普遍，在所有物种中都可见。 重要的是既要鉴定具有高翻译效率的密码子（通常称为最佳密码子），又要研究基因间密码子使用的分布（例如，具有最佳密码子的基因与具有较少最佳密码子的基因）。 到目前为止，还没有软件可以在一个地方实现上述所有CUB指标。 更重要的是，现有

【文件预览】：
CUA-master
----.gitignore(200B)
----README.md(3KB)
----examples.tar.gz(10.78MB)
----bin()
--------tabulate_codons.pl(7KB)
--------cai_codon.pl(15KB)
--------tai_codon.pl(4KB)
--------cub_seq.pl(11KB)
----t()
--------pod.t(350B)
--------tai.out(1KB)
--------02-codontable.t(1KB)
--------01-seqio.t(1KB)
--------05-calculator.t(2KB)
--------pod-coverage.t(680B)
--------test.fa(27KB)
--------manifest.t(312B)
--------expected.tsv(8KB)
--------cai.out(997B)
--------dmel_r5_apr2006.tRNA_copy(290B)
--------env.pm(384B)
--------03-summarizer.t(2KB)
--------04-builder.t(2KB)
--------00-load.t(503B)
--------generate_expected_data.pl(3KB)
----Changes(1KB)
----LICENSE(34KB)
----xt()
--------boilerplate.t(1KB)
----TODO(131B)
----Makefile.PL(2KB)
----MANIFEST(592B)
----README(3KB)
----MANIFEST.SKIP(267B)
----lib()
--------Bio()
----ignore.txt(184B)