文件名称：nephele:从 code.google.compnephele 自动导出
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文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-05 13:11:13
Java
涅菲尔 经典的基因分型方法基于系统发育分析，从多序列比对开始。 然后通过系统发育树的专家检查建立基因型。 然而，这些方法对于快速增长的数据集来说并不是最理想的，因为它们需要大量的人力，并且随着序列数量的增加，它们的计算复杂性会Swift增加。 该项目使用一种不依赖于多序列比对的基因分型方法。 它使用完整的组合向量算法将数据集中的每个序列表示为从其组成 k-mer 派生的向量，并使用亲和传播聚类将序列分组为基于向量的距离度量的基因型。 我们的方法产生的结果与专家定义的进化枝或基因型密切相关，而计算成本仅为传统系统发育方法的一小部分。 生物和医学源代码中进行 这是 2015 年 3 月 29 日从 Google Code 自动导出的。