文件名称：scRNA_SMARTseq2
文件大小：448KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-23 03:47:11
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scRNA_SMARTSEQ2_transcriptomeMapping 该管道用于处理双末端单细胞RNA测序。 管道将每个单元格的单独FASTQ作为输入，并进行修剪，映射，过滤和计数读取。 然后，使用该计数表生成带有数据的Seurat对象。 标准输出包括计数表，元数据文件，QC图和Seurat对象。 修整 Pipeline使用TrimGalore修剪样本并在读取结果上运行fastQC。 输出压缩整理的FASTQ，修剪报告和fastqc报告。 Fastqscreen 流水线在修剪后的读数上运行FastQ屏幕，并生成更多的QC报告。 映射 该管道使用HISAT2将读段映射到所选的基因组。 HISAT工具，基因组索引和GTF文件的位置需要在配置文件中指定。 当前已将规则设置为在12个线程上运行HISAT2，但是可以在align.smk规则中进行更改。 HISAT2默认情况下输出SAM文件，
【文件预览】：
scRNA_SMARTseq2-master
----omic_config.yaml(3KB)
----help_page.html(652KB)
----submit_snakemake.sh(420B)
----data()
--------regev_lab_cell_cycle_genes.txt(556B)
----Snakefile(3KB)
----dag.svg(1012KB)
----cluster.json(2KB)
----envs()
--------RSeQC.yaml(2KB)
--------scAnalysis.yaml(5KB)
--------Mapping.yaml(794B)
--------fastqscreen.yaml~(760B)
--------trimG.yaml(722B)
--------NMT_Create_Seurat.yaml(5KB)
--------featureCounts.yaml(158B)
--------FeautureCounts.yaml(2KB)
--------GetEnsemblGenes.yaml(4KB)
--------create_Seurat.yaml(8KB)
--------fastqscreen.yaml(906B)
----rules()
--------analysis.smk(2KB)
--------align_rmdp.smk(3KB)
----README.md(2KB)
----scripts()
--------feature_counts.R(3KB)
--------RNAseq_filterCounts.R(4KB)
--------create_SCE.R(8KB)
--------createEnvs.sh(2KB)
--------makeEnv_scAnalysis.sh(224B)
--------create_Seurat.R(20KB)
--------getEnsemblGenes.R(3KB)