文件名称：gudmap_rbk.rna-seq
文件大小：4.39MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-05 00:38:14
Nextflow
掌握 开发 用于GUDMAP / RBK的RNA-Seq分析管线 介绍 创建此管道是将其与GUDMAP和RBK联盟data-hub集成为标准的mRNA测序分析管道。 它旨在在UT西南医学中心的HPC集群（ ）上运行（结合标准nextflow配置文件：config biohpc.config ） 验证： 必须使用对使用的财团服务器进行身份，并保持身份验证，直到管道运行结束。 过早关闭客户端将导致令牌失效，并可能导致管道故障。 长期使用的“ globus”令牌已在将来的路线图上。 跑步： 可用参数： --deriva 活动的credential.json文件 --bdbag来自有效cookies.txt文件 --repRID mRNA-seq复制RID --source联盟服务器源 dev = （默认值，不包含所有数据） staging = （不包含所有数据） 生产= （确
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gudmap_rbk.rna-seq-dnanexus
----conf()
--------ondemand.config(74B)
--------biohpc_local.config(283B)
--------Execution_Run_For_Output_Bag.json(3KB)
--------spot.config(69B)
--------dnanexus.config(2KB)
--------local.config(62B)
--------Replicate_For_Input_Bag.json(6KB)
--------.gitkeep(0B)
--------multiqc_config.yaml(5KB)
--------biohpc.config(2KB)
--------aws.config(2KB)
--------biohpc_max.config(349B)
----workflow()
--------scripts()
--------tests()
----.gitlab()
--------merge_request_templates()
--------issue_templates()
----pytest.ini(41B)
----nextflow.config(3KB)
----LICENSE(1KB)
----main.nf(0B)
----README.md(11KB)
----conftest.py(307B)
----rna-seq.nf(92KB)
----test_data()
--------Replicate_For_Input_Bag(test).json(6KB)
--------.gitkeep(0B)
--------createTestData.sh(9KB)
----data()
--------.gitkeep(0B)
----docs()
--------software_versions_mqc.yaml(1KB)
--------references.md(3KB)
--------bicf_logo.png(12KB)
--------dag.png(4.84MB)
--------.gitkeep(0B)
--------gudmap-rbk_logo.png(29KB)
--------software_references_mqc.yaml(6KB)
----.gitignore(4KB)
----.gitlab-ci.yml(37KB)
----cleanup.sh(154B)
----CHANGELOG.md(7KB)