文件名称：drawProteins:创建软件包以从Uniprot API提取蛋白质
文件大小：93KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-13 12:18:58
R
drawProteins概述 创建此程序包的目的是允许根据从获得的数据可视化蛋白质示意图。 基本工作流程是： 提供一个或多个Uniprot ID 从Uniprot API获取功能列表 画出这些蛋白质的基本链 根据需要添加功能drawProteins使用包httr与Uniprot登录API相互作用并提取JSON对象到R的JSON对象被用于创建data.table。 然后使用绘图包ggplot2创建蛋白质原理图。 Vignette对包装进行了很好的概述。 上的示例脚本 该软件包的master版本可通过。 当前可通过GitHub在此处获得development版本。 要安装和使用开发分支： 该包装可通过。 安装说明和文档都。 要从Github安装： if (!require(devtools)) { install.packages('devtools') } dev_
【文件预览】：
drawProteins-master
----.travis.yml(242B)
----man()
--------rel_A_features.Rd(501B)
--------tnfs_data.Rd(1KB)
--------five_rel_data.Rd(1KB)
--------draw_regions.Rd(1KB)
--------draw_canvas.Rd(841B)
--------draw_chains.Rd(2KB)
--------extract_feat_acc.Rd(892B)
--------feature_to_dataframe.Rd(1KB)
--------drawProteins.Rd(366B)
--------get_features.Rd(964B)
--------extract_names.Rd(1KB)
--------protein_json.Rd(515B)
--------draw_recept_dom.Rd(1KB)
--------draw_folding.Rd(2KB)
--------phospho_site_info.Rd(689B)
--------five_rel_list.Rd(571B)
--------parse_gff.Rd(879B)
--------rel_json.Rd(524B)
--------draw_motif.Rd(1KB)
--------draw_domains.Rd(1KB)
--------draw_repeat.Rd(2KB)
--------extract_transcripts.Rd(1KB)
--------draw_phospho.Rd(1KB)
----data()
--------five_rel_data.rda(5KB)
--------rel_A_features.rda(3KB)
--------rel_json.rda(3KB)
--------tnfs_data.rda(2KB)
--------protein_json.rda(26KB)
--------five_rel_list.rda(8KB)
----NAMESPACE(431B)
----CONDUCT.md(1KB)
----tests()
--------testthat()
--------testthat.R(68B)
----inst()
--------CITATION(772B)
--------extdata()
----LICENSE(1KB)
----vignettes()
--------drawProteins_BiocStyle.Rmd(9KB)
--------drawProteins_extract_transcripts_BiocStyle.Rmd(4KB)
----.Rbuildignore(160B)
----codecov.yml(15B)
----.gitignore(64B)
----R()
--------get_features.R(2KB)
--------extract_from_api.R(8KB)
--------data.R(3KB)
--------extract_transcripts.R(3KB)
--------drawProteins-package.r(256B)
--------parsers.R(2KB)
--------geoms.R(20KB)
----NEWS(2KB)
----DESCRIPTION(948B)
----README.md(2KB)
----drawProteins.Rproj(425B)