文件名称：YASRA:基于参考的汇编器
文件大小：11.87MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-19 20:25:00
C
亚斯拉 要求 YASRA 应该可以在任何带有 gcc 和 python 的标准 64 位 Linux 环境中工作。 但是，我们已经在以下平台上测试了编译（gcc --version 和 uname -a 的输出）： a) gcc (GCC) 4.1.2 20080704 (Red Hat 4.1.2-50) Linux 2.6.18-164.el5 #1 SMP x86_64 GNU/Linux YASRA 使用 LASTZ（ 用于发布版本， //www.bx.psu.edu/~rsharris/lastz/newer 用于较新版本）将序列与参考基因组对齐。 请在安装 YASRA 之前安装 LASTZ（ 上的最新版本）并在可执行文件/二进制搜索路径中添加 LASTZ 二进制文件。 概括 YASRA（Yet Another Short Read Assembler）使用参考基因组对
【文件预览】：
YASRA-master
----depcomp(16KB)
----aclocal.m4(30KB)
----config.guess(42KB)
----Makefile.am(15B)
----config.sub(31KB)
----src()
--------config.h(3KB)
--------misc()
--------sequences.c(5KB)
--------stamp-h1(27B)
--------.deps()
--------asserts.h(504B)
--------runtime.h(233B)
--------genomewelder.c(14KB)
--------slinklist.h(1KB)
--------graph.h(2KB)
--------common.c(1KB)
--------sequences.h(2KB)
--------graph.c(12KB)
--------fasta.pyc(3KB)
--------common.h(190B)
--------best_hit(5KB)
--------config.h.in(3KB)
--------Makefile.am(2KB)
--------genomewalker(2KB)
--------contig.h(4KB)
--------Makefile.in(17KB)
--------slinklist.c(3KB)
--------contig.c(52KB)
--------fasta.py(2KB)
--------utilities.h(2KB)
--------runtime.c(123B)
--------utilities.c(6KB)
--------make_template.c(2KB)
--------trim_assembly(4KB)
--------Makefile(17KB)
--------assembler.c(19KB)
--------hashtable.c(4KB)
--------hashtable.h(2KB)
----Makefile.in(17KB)
----INSTALL(9KB)
----missing(11KB)
----install-sh(9KB)
----AUTHORS(307B)
----configure(174KB)
----test_data()
--------454.fa(36.06MB)
--------Makefile(6KB)
--------rhino_template.fa(16KB)
----NEWS(0B)
----ChangeLog(2KB)
----README.md(9KB)
----COPYING(18KB)
----configure.ac(2KB)