【文件属性】：
文件名称：SeqQEst：对BAM进行质量控制
文件大小：2.7MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-02-18 06:25:29
Python
序列号
下一代测序数据的质量控制
作者：孙华版本：v1.01
更新（2021-02-15）
v1.01-更新了SeqQC摘要
先前版本
版本v1.0： ：
Beta版本： ：
介绍
SeqQEst是一种工具，用于估计单样本和多样本序列的质量，检测交换，错误标记或污染的样本，并通过考虑大量DNA和RNA序列数据来确认遗传谱系。
要求
安装（conda）
通过“ sh setup / setup_tools.sh”安装以下工具
“ setup_tools.sh”将安装工具并输出config_seqQEst.ini ，其中将列出所有工具位置。
JRE v1.8
Picard >=v2.17.11
Samtools >=v1.5
FastQC >=v0.11.9
7z >=v15.09
Bam-readcount v0.7
【文件预览】：
SeqQEst-master
----config()
--------config.demo.ini(1KB)
--------set_optiType.ini(216B)
----data()
--------hla_reference_rna.fasta(4.03MB)
--------hla_reference_dna.fasta(16.89MB)
----loci()
--------README.md(1B)
----interval_list()
--------proteinCoding.cds.merged.gencode_hg38_v29.interval_list(7.71MB)
----src_qc_bulk()
--------hlaQC.bam.call_hla.sh(4KB)
--------germlineQC.run.bamreadount.sh(1KB)
--------germlineQC.call_correlation.py(3KB)
--------germlineQC.key2row.pl(6KB)
--------seqQC.bam.fastqc.sh(992B)
--------hlaQC.summary.report.py(6KB)
--------germlineQC.brc2vaf.pl(3KB)
--------seqQC.bam.meanDepth.sh(945B)
--------seqQC.bam.targetCoverage.sh(1KB)
--------seqQC.summary.report.py(5KB)
--------seqQC.merge.report.pl(6KB)
--------germlineQC.merge_vaf_table.sh(2KB)
--------germlineQC.summary.plot.heatmap.py(4KB)
--------germlineQC.summary.report.py(9KB)
--------seqQC.bam.flagstat.sh(844B)
----worklogs()
--------run.germlineQC.callSNPs.fromTable.sh(912B)
--------run.hlaQC.callHLA.fromTable.sh(905B)
--------run.hlaQC.recall_optitype.sh(754B)
--------run.seqQC.fromTable.sh(2KB)
--------lsf_submit.sh(406B)
--------README.md(1B)
----SeqQEst.sh(5KB)
----README.md(6KB)
----setup()
--------setup_tools.sh(3KB)