文件名称：sepp:HMM方法的集合（SEPP，TIPP，UPP）
文件大小：26.98MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-26 08:46:56
Python
概括 该存储库包含SEPP，TIPP，UPP，HIPPI的代码。 这三种方法以不同的方式使用“隐马尔可夫模型”（HMM）的合奏，每种方法都着眼于不同的问题。 这些相关工具中的每一个都有其自己的README文件。 SEPP代表“支持SATe的系统发生位置”，它解决了将短读段在参考比对和树木中进行系统发生的问题。 UPP代表“使用系统发育感知配置文件进行超大比对”，解决了非常大的数据集（可能包含碎片数据）的比对问题。 UPP可以将数据集与多达1,000,000个序列对齐。 HIPPI代表“具有HMM集合的高精度蛋白质家族分类”，解决了将查询序列分类为蛋白质家族的问题。 TIPP代表“分类学识别和系统发育分析”，它解决了分类学识别和宏基因组学数据的丰度分析的问题。 我们已将TIPP作为SEPP的独立软件包迁移。 TIPP软件包可在访问。 错误与错误 SEPP，TIPP，UPP，HIPP