文件名称：多鱼
文件大小：127KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-02 22:57:51
Nextflow
多鱼管道 先决条件 您必须安装和才能运行此管道。 如果在HPC群集中运行，则必须在所有群集节点上安装。 入门 配置和构建 ./setup.sh 在本地运行管道 ./main.nf [arguments] 在IBM Platform LSF上运行管道 这还将设置一个项目标志，以显示如何设置LSF选项。 ./main.nf -profile lsf --lsf_opts "-P multifish" [arguments] 目录中提供了更多示例。 发展历程 如果您是软件开发人员，请参考。
【文件预览】：
multifish-master
----containers()
--------airlocalize()
--------assignment()
--------bigstream()
--------segmentation()
----.gitignore(114B)
----README.md(800B)
----utils()
--------utils.nf(184B)
----.gitmodules(266B)
----param_utils.nf(7KB)
----main-registration.nf(3KB)
----main-warp-spots.nf(2KB)
----docs()
--------Development.md(652B)
--------pipeline_diagram.png(86KB)
----examples()
--------example-with-localsingularity.sh(906B)
--------example-with-lsf.sh(651B)
--------run_registration.sh(567B)
----external-modules()
--------stitching-spark()
--------spark()
----nextflow.config(455B)
----workflows()
--------warp_spots.nf(650B)
--------spot_extraction.nf(3KB)
--------registration.nf(11KB)
--------stitching_utils.nf(700B)
--------segmentation.nf(860B)
--------stitching.nf(13KB)
----setup.sh(153B)
----processes()
--------spot_extraction.nf(2KB)
--------quantification.nf(760B)
--------assignment.nf(504B)
--------registration.nf(5KB)
--------segmentation.nf(624B)
--------stitching.nf(678B)
----main.nf(18KB)