文件名称：NextGenerationSequencing：构建一个流程以基于R，Perl和Python分析NGS数据
文件大小：89KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-02-26 15:37:59
python workflow r perl ngs
下一代测序工作流程 需求 Python 2.7 Perl 5v22 R 2.3 NGS分析中的工作流程 描述 码 描述 extractLargeData.pl 根据策略提取配对的读段。 输入是由领结程序从对齐的SAM分割的文件（由于内存的限制）。 getLargeData.pl 从所有分割的文件中统计每个笔录，并生成一个包含笔录及其读取计数的文件。 由于内存的限制，输入文件的计数将动态更改。 cbnCT.pl 为了合并由代码getLargeData.pl生成的控制文件和处理文件，脚本级别的数据将同时显示控制文件和处理程序的读取计数。 preprocess.py 该代码组合了（
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NextGenerationSequencing-master
----7_geneTranscript.r(2KB)
----5_gene_analysisGene.r(1KB)
----4_transcript_analysis.r(1KB)
----4_gene_extractGene.pl(2KB)
----1_extractLargeData.pl(1KB)
----readme.md(4KB)
----LICENSE(34KB)
----3_cbnCT.pl(1KB)
----execute.sh(457B)
----7_1_filterDb.py(2KB)
----2_getLargeData.pl(2KB)
----doc()
--------images()
----6_gene_deep.r(5KB)
----0_preprocess.py(7KB)
----annotated.pm(1KB)
----5_transcript_combineTtl.r(5KB)
----4_1_extractGeTreData.py(2KB)
----8_getAnnotated.pl(3KB)