文件名称：CAMPHOR:SV来电者，可长时间阅读
文件大小：8MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-28 04:41:53
Python
樟 SV来电者，可长时间阅读 概述 提取的读物表明来自bam文件的SV的存在 确定SV候选人 使用重复信息和支持读取次数过滤SV候选对象 要求 python3 python的pysam模块 numpy模块 Perl samtools（0.1.18版或更高版本） 输入文件 两个bam文件（一个bam按读取名称排序，另一个bam按基因组坐标排序） 按基因组坐标排序的bam文件的索引文件（.bai） 序列数据的Fastq文件 如果环境中未安装samtools，则可以在配置文件（pram.config）中指定samtools执行文件的路径。 输出文件格式 SV的vcf文件（SV.vcf） 用法 $ git clone https://github.com/afujimoto/CAMPHOR $ cd CAMPHOR/CAMPHOR $ sh CAMPHOR.sh < bam(sorted b
【文件预览】：
CAMPHOR-main
----LICENSE(34KB)
----CAMPHOR()
--------Dockerfile(1KB)
--------pram.config(236B)
--------src()
--------CAMPHOR.sh(11KB)
--------example()
----README.md(5KB)