文件名称：twin_ion_pipeline:用于检测LCMS数据中双离子信号的管道
文件大小：798KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-17 16:52:18
Python
基于双离子质谱管线 作者：伯尼·波普（ ） twin ion基于库，用于编写生物信息学管道。 其功能包括： 使用DRMAA在群集上提交作业（当前仅使用SLURM测试）。 作业依赖关系计算和检查点。 管道可以显示为流程图。 重新运行管道将从最新阶段开始。 它不会重做以前完成的任务。 执照 3条款BSD许可。 请参阅源存储库中的LICENSE.txt。 安装 外部依赖 twin ion取决于以下程序和库： （版本2.7.5） 用于将作业提交到集群的 （它使用Python包装器执行此操作）。 您需要为本地作业提交系统安装自己的libdrama.so 。 有一些通用调度程序可用的版本，例如Torque / PBS， 等。 （2.0.0版） 您将需要自己安装这些依赖项。 我建议使用虚拟环境： cd /place/to/install virtualenv twin_io
【文件预览】：
twin_ion_pipeline-master
----setup.py(543B)
----.gitignore(72B)
----src()
--------pipeline.py(2KB)
--------__init__.py(0B)
--------stages.py(3KB)
--------utils.py(228B)
--------config.py(3KB)
--------main.py(2KB)
--------state.py(415B)
--------runner.py(4KB)
--------version.py(350B)
--------logger.py(521B)
----MANIFEST.in(19B)
----LICENSE.txt(1KB)
----README.md(7KB)
----example()
--------pipeline.config(2KB)
--------testing.mzML(1.7MB)