文件名称：KAMI:用于建立细胞信号传导模型的生物管理库
文件大小：23.77MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-15 12:09:45
graph rule-based kami knowledge-aggregator Python
KAMI：知识聚合器和模型实例化器 KAMI：Knowledge Aggregator和Model Instantiator是一个半自动的生物固化平台，可为用户提供工具，以逐步聚合有关不同出处的各个蛋白质-蛋白质相互作用，其注释，可视化和进一步实例化的生物学事实，以建立基于规则的具体系统的模型并执行假设检验。 关于项目 该平台允许通过图形界面或API通过程序输入带注释的生物学事实。 输入的事实可以以上下文相关的方式自动与现有模型合并（模型中存在的知识会影响这些事实的解释方式，因此会与模型合并）。 该模型本身是一个图层次结构（ReGraph核心数据结构的一个实例）。 除了用户输入的知识外，层次结构还包含KAMI用来解释相互作用的专业知识，例如，蛋白质家族的定义，蛋白质变体的定义，特定蛋白质结构域的语义。 这些专家知识既可以从公开可用的数据（例如UniProt，Pfam，InterPro数据库
【文件预览】：
KAMI-master
----MANIFEST.in(44B)
----kamiql()
--------engine.py(12KB)
--------parser.py(8KB)
----kami()
--------exceptions.py(1KB)
--------utils()
--------aggregation()
--------exporters()
--------__init__.py(360B)
--------data_structures()
--------resources()
--------importers()
----requirements.txt(49B)
----examples()
--------.ipynb_checkpoints()
--------KAMI_Tutorial.ipynb(39KB)
--------Untitled.ipynb(171KB)
--------trips_output.xml(13KB)
--------Playground.ipynb(19KB)
--------data()
----LICENSE(1KB)
----setup.py(791B)
----README.md(3KB)
----docs()
--------source()
--------make.bat(845B)
--------Makefile(678B)
----tests()
--------test_kami_versioning.py(1KB)
--------test_identifiers.py(6KB)
--------test_kappa_generation.py(5KB)
--------test_generators.py(23KB)
--------test_kami_corpus.py(6KB)
--------test_semantics.py(0B)
--------test_aggregation.py(16KB)
--------__init__.py(0B)
--------test_representation.py(3KB)
--------resources.py(6KB)
--------test_kamiql.py(6KB)
----.gitignore(692B)
----anatomizer()
--------new_anatomizer.py(59KB)
--------utils.py(8KB)
--------data_structures.py(12KB)
--------defaultusage.py(334B)
--------__init__.py(315B)
--------anatomizer.py(20KB)
--------README.md(12B)
--------resources()
--------anatomizer_light.py(6KB)
--------example.py(767B)