文件名称：HMMER2GO:注释基因本体术语的DNA序列
文件大小：54KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-13 11:49:00
gene gene-annotation orfs hmmer Perl
HMMER2GO 注释基因本体术语的DNA序列 什么是HMMER2GO？ HMMER2GO是一个命令行应用程序，用于根据查询序列与表示的蛋白质家族的精选HMM模型的相似性，将DNA序列（通常是转录本）映射到 。 这些GO术语映射使您可以推断基因产物的功能，或者在表达研究的情况下推断功能的变化。 生成的GAF映射文件可与Ontologizer或其他工具一起使用，以可视化术语关系及其重要性值的图表。 安装 建议使用 ，如下所示： docker run -it --name hmmer2go-con -v $(pwd)/db:/db:Z sestaton/hmmer2go 这将创建一个名为“ hmmer2go-con”的容器并启动一个交互式外壳。 上面假设您在工作目录中有一个名为db的目录，其中包含数据库文件（已格式化的Pfam HMM文件）和输入序列。 要运行完整的分析，请转到容器
【文件预览】：
HMMER2GO-master
----xt()
--------pod.t(268B)
--------pod-coverage.t(598B)
----t()
--------05-map2gaf.t(1KB)
--------04-mapterms.t(3KB)
--------02-getorf.t(3KB)
--------07-customdb.t(2KB)
--------03-run.t(4KB)
--------test_data()
--------00-load.t(702B)
--------01-fetchmap.t(916B)
--------06-pfamsearch.t(2KB)
----Makefile.PL(1KB)
----Dockerfile(493B)
----lib()
--------HMMER2GO()
--------HMMER2GO.pm(999B)
----Changes(6KB)
----TODO.md(820B)
----.travis.yml(685B)
----LICENSE(1KB)
----build()
--------ci()
--------containers()
----README.md(4KB)
----MANIFEST(467B)
----.gitignore(160B)
----bin()
--------hmmer2go(3KB)
----cpanfile(406B)
----INSTALL.md(2KB)